jar и war – расширения платформо-независимых файлов-архивов Java-приложения. Кроме них есть еще третий формат, ear. Все эти форматы – на самом деле просто zip-архивы с классами и другими частями приложения. Вы можете переименовать такой файл в .zip, разархивировать, и посмотреть, что внутри.

JAR – Java Archive. Содержит файлы классов, ресурсы, зависимые библиотеки, и другие необходимые для приложения файлы. Может содержать точку входа, и использоваться как цель для исполнения команды java.

WAR – Web Archive. Технически имеет ту же структуру, но другую роль – архив JavaEE web-компонента. Обычно содержит jar-ы с реализацией, JSP, статические файлы фронт-энда, и мета-информацию для сервлет-контейнера (web.xml). В основном используется как деплоймент web-приложения в сервлет-контейнер. С приходом Servlet API 3.0 и embedded-контейнеров, всё больше становится принято запаковывать и web-компоненты в самодостаточные jar (Лозунг Spring Boot: Make jar, not war).

EAR – Enterprise Archive. Для разработчиков, начавших карьеру уже во времена Spring Framework, может показаться совсем экзотичным. Это собранное воедино монолитное JavaEE приложение. Содержит дескрипторы деплоймента и JavaEE модули (веб-модули, EJB, клиентские модули, адаптеры ресурсов). Деплоится в JavaEE Application Server.

Все три типа файлов собираются утилитой jar из JDK.