Object.clone() и System.arraycopy(). Нативные способы копирования, самые быстрые из возможных. Унаследованный от базового класса clone() копирует весь массив без лишних аргументов. arraycopy(), наоборот, максимально гибкий – позволяет копировать часть массива и указывать массив, в который копировать.

Arrays.copyOf(), Arrays.copyOfRange() и все их перегрузки. Утилитарные методы, которые дают более специализированные способы копирования. Внутри все используют System.arraycopy().

Копирование через стрим. Arrays.stream(sourceArray).toArray(). Удобно когда нужно встроить дополнительные промежуточные операции.

Сторонними библиотеками. Обычно обеспечивают дополнительные удобства, такие как проверка корректности параметров, приведения типов, и прочие. Пример – класс SerializationUtils из Apache Commons.

Все перечисленные способы создают поверхностную копию – оба массива в итоге ссылаются на одни и те же объекты. Лучший способ создать глубокую копию – реализовать ее вручную. Сначала оператором new создается пустой массив нужного размера, затем в цикле заполняется копиями элементов. Stream API здесь может дать удобный интерфейс реализации, и оптимизировать копирование с помощью многопоточности.

Самый быстрый, но ужасный по эффективности способ глубокого копирования массива без реализации копирования отдельных элементов – сериализация+десериализация. Сложно придумать оправдание такому плохому способу для продакшна, но этот метод вполне подходит для реализации быстрого прототипа, или для тестового кода.