.class-файл представляет собой один скомпилированный класс. Это то, что в конечном итоге исполняет Java Virtual Machine. В .class компилируется код любого JVM языка, формат входит в спецификацию и не зависит от платформы или реализации виртуальной машины. Содержимое конкретного класса просматривают утилитой javap из стандартного набора JDK. Подробно структура файла описана на википедии, в документации и во множестве статей. Файл состоит из 10 секций, которые можно условно разбить на группы:

🔘 Свойства файла: определяющее тип файла «волшебное слово» 0xCAFEBABE и версия формата;
🔘 Пул констант – содержит все используемые имена методов и классов в специальном формате, и прочую символьную информацию. В других местах используются только ссылки на элементы пула;
🔘 Основные свойства класса: флаги доступа, имя этого класса, его предка, интерфейсов;
🔘 Внутреннее содержимое: список полей класса и байткод методов
🔘 Атрибуты класса;

Для внутренних классов тоже создаются отдельные файлы с названиями формата OuterClass$InnerClass.class. Если класс анонимный, вместо имени используются номера с 1.