Удобно рассмотреть случаи применения аннотаций с точки зрения возможных значений их свойства RetentionPolicy:

SOURCE – аннотация присутствует только в исходном коде, но не вовлечена в компиляцию. Можно разделить их на две категории:

Первая – аннотации для программиста, а не для программы. Это всевозможные маркеры. Они добавляют аннотируемым элементам некоторую специальную семантику. Более формализованный вариант документации. Примеры – @Immutable и @ThreadSafe из Hibernate.

Вторая категория – инструкции для инструментов разработки. Примеры этой категории, @SuppressWarnings и @Override могут влиять на предупреждения и ошибки компиляции. IntelliJ IDEA умеет понимать @Nullable и @NonNull из Spring Framework, и предупреждать о возможных NullPointerException.

CLASS – самое экзотическое, но при том стандартное значение. Аннотация попадает в байткод .class-файла, но игнорируется загрузчиком классов. В результате такая аннотация недоступна для рефлекшна. Используется для сторонних инструментов, обрабатывающих байткод, например для обфускаторов.

RUNTIME – самое ходовое значение. Цель снабжается метаинформацией, доступной во время выполнения программы. Сама по себе аннотация всё так же не добавляет нового поведения. Для практической пользы runtime-аннотации в программе должен быть исполнен некоторый код процессинга, который прочитает метаинформацию инструментами Reflection API. Такой механизм широко используется во множестве популярных фреймворков: Spring, Hibernate, Jackson.