<permission> создает разрешение, а <uses-permission> запрашивает.

<uses-permission> – элемент манифеста, который указывает какие разрешения необходимы приложению, чтобы работать корректно. Эти разрешения гарантируются пользователем при установки или во время использования приложения для runtime permissions.
Например если приложение использует интернет, то используется <uses-permission android:name="android.permission.INTERNET"/>.

<permission> создает новое кастомное разрешение, которое может использоваться для ограничения доступа к отдельным компонентам приложения. Разрешение, созданное через <permission> может быть запрошено в этом же или другом приложении через <uses-permission>.